1- Contexte scientifique et objectifs du projet

L’étude en parallèle du protéome et du transcriptome peut amener à une meilleure compréhension des mécanismes de régulation et de signalisation des processus de la vie d’une cellule. Ce projet vise à construire un outil de gestion et d’exploitation des données qui soit une référence pour la transcriptomique et la proteomique du blé. Ce système devra être développé avec le soucis d’assurer son interopérabilité avec le système d’information généraliste (GpiIs) développé à l’URGI pour les données de génomique végétale produites par les laboratoires de l’INRA.

2- Description du projet

L’outil que nous proposons de construire inclut la conception d’un système d’information qui pourra être intégré dans le programme LifeGrid à travers un système de gestion de base de données (type SGDB relationnel), autour duquel viendront s’articuler des interfaces utilisateurs dédiées à des objectifs spécifiques. Les données devront s’organiser autour de 3 grands champs thématiques que sont le processus expérimentaux, le protéome et le transcriptome. Au niveau de l’exploitation des données, deux interfaces sont envisagées :

• Une interface utilisateur simple (type web ou autre) qui devrait permettre une interrogation du système soit dans un contexte de « cahier de laboratoire électronique », soit dans un cadre plus classique de requête sur des bases de données de transcriptomie et protéomie.
• Un système d’interrogation expert permettant des analyses bioinformatiques sur les données, mais aussi l’extraction d’information non explicitement modélisées dans le système (fouille de données)

3- Usage public ou contrôlé

Cet outil sera a usage public. Il est envisageable de l’inclure dans le système d’information développé dans le cadre du programme LifeGrid.

4- Résultats attendus

Les résultats attendus sont:

• Un système générique de gestion couplée de données protéomiques et transcriptomiques
• Positionner la région dans un statut de leadership national (et international) autour de la génomique et de la post-génomique des céréales à paille
• Soutien au développement de la recherche locale : ce système servira de socle au développement d’un système à base de connaissances autour de la description et de l’analyse des voies de signalisation et de régulation de l’expression des gènes.

LifeGrid, le système d'information régional