1- Contexte scientifique et objectifs du projet

Depuis quelques années, les informations disponibles sur la structure des génomes des plantes, s’accumulent. A cela s’ajoutent tous les résultats issus des technologies dites « omiques »: transcriptomiques, métabolomiques … Pour une société privée, dont l’objectif est l’amélioration des cultures, la disponibilité de ces données dans un format facilement accessible est indispensable.

2- Description du projet

Biogemma a consolidé en interne une quantité importante d’information sur le génome des plantes, informations provenant du domaine public, de sa propre recherche ou des résultats des programmes développés dans le cadre de Génoplante. L’objectif de ce projet est de regrouper cet ensemble sur l’Auvergne à proximité de la majorité des utilisateurs. Un ensemble de serveurs sera installé de manière à pouvoir stocker les données publiques disponibles, en tenant compte de l'incessante croissance du volume de ces données. Ces serveurs contiendront aussi de nombreux applicatifs publics, commerciaux ou bien ceux développés par Biogemma ou dans Génoplante. Un réseau sera mis en place permettant de connecter tous les sites de Biogemma et de ses actionnaires. L’intranet, déjà en place, sera adapté à la nouvelle configuration.

3- Usage public ou contrôlé

L’usage de ces serveurs, des applicatifs et de l’Intranet sera contrôlé par Biogemma. Biogemma est ouvert à des collaborations avec des partenaires privés ou publics qui pourraient être intéressés à avoir accès, sur une période donnée, aux ressouces serveurs et/ou logicielles.

4- Résultats attendus

Mise en place en Auvergne d’un système de BioInformatique consacré aux espèces végétales. Système comprenant, des bases de données, des applicatifs et un Intranet. Il sera utilisé en mode contrôlé par les chercheurs de Biogemma et de ses actionnaires.
Il pourra être ouvert dans le cadre de collaborations avec des partenaires publics ou privés et servira de support pour continuer les collaborations scientifiques locales déjà en cours avec l'Université Blaise Pascal et les laboratoires INRA de Crouelle, en créer de nouvelles (Equipe mixte INRA-UBP -Professeur Nicolas). Il sera question d'affirmer notre rôle dans la formation via des stages et des interventions de nos scientifiques dans les cursus locaux à l'instar du master DESS Bioinformatique de Clermont et IUT Bioinformatique Aurillac.

LifeGrid, le système d'information régional