PROTEODYNAMICS a initié une R&D dans le domaine du diagnostic de maladies rares depuis 2008. La société possède des compétences en analyse des modifications post traductionnelles des protéines plus particulièrement des glycosylations c’est à dire, l’ajout de structures de sucre ou glycannes sur une protéine. Ces structures glycanniques peuvent être des indicateurs ou bio marqueurs, pour des états pathologiques comme pour exemples, le cancer de la prostate, les maladies neuro dégénératives, les désordres congénitaux de la glycosylation (CDG, Congenital Disorder of Glycosylation). A partir de sérum humain ou autre milieu biologique, la société étudie le profil de glycosylation global de l’échantillon. Le projet R&D de PROTEODYNAMICS consiste à rechercher les glycannes ou la variation quantitative de certains qui seraient spécifiques de pathologies. Ces marqueurs permettront de diagnostiquer la maladie et plus tard de suivre les traitements.

Au stade de recherche actuel, nous ne connaissons pas les glycannes qui sont modifiés spécifiquement dans la maladie analysée. C’est ce que nous devons trouver. Nous devons tester plusieurs hypothèses et donc pouvoir comparer facilement les données que nous générons. Il faut donc mieux les structurer et c’est la raison pour laquelle nous répondons à cet appel d’offre. Nous souhaitons mettre en place une base de données. Le nombre d’échantillon est croissant, nous avons déjà les résultats pour une trentaine de personnes. La base de données doit permettre de traiter plusieurs centaines de patients ce qui nous semble impossible avec les moyens actuels. Les avantages de la base de données seront gain de temps pour le chercheur, informations structurées qui doivent permettre un meilleur traitement et élimination des sources d’erreur dues à la multiplication des tableaux Excel. Aujourd’hui PROTEODYNAMICS n’a pas les compétences en interne qui permettent de créer un tel outil informatique. Le projet proposé est un projet de deux à trois mois pour l’automne 2009, concrétisé par l’embauche d’un informaticien en contrat à durée déterminée.

A plus long terme le test diagnostique sera protégé par une propriété intellectuelle. La base de données restera non disponible aux autres sociétés tant que le test final ne sera pas protège.

Nous avions déjà identifié le besoin de mieux structurer les informations que nous générons et dans le projet ANR BiotecS déposé en février 2009, nous avons intégré l’embauche d’un bio-informaticien. Le projet Lifegrid permettrait de faire gagner du temps au projet de R&D de PROTEODYNAMICS puisqu’il s’agit de construire dès maintenant la base de données qui facilitera le travail d’un bio-informaticien qui devra réaliser le traitement des données.

LifeGrid, le système d'information régional