SI dédié à la gestion et à l’exploitation de données transcriptomiques et protéomiques du blé tendre

Le projet proposé ici vise à construire un outil de gestion et d’exploitation des données produites par l’unité et ses différents partenaires. Il s’agit d’un système d’information ouvert incluant une base de données de référence pour la transcriptomique et la proteomique du blé, qui servira également de socle au développement d’un système d’information global dédié à l’analyse des voies de signalisation et de régulation de l’expression des gènes sur le modèle blé.

BRONNER Gisèle

INRA UMR ASP

Amélioration des plantes in silico : outils informatiques pour la création variétale

Dans le but de mieux intégrer toutes les données issues de nos travaux de recherche et d’augmenter la capacité à mieux valoriser ces informations, nous entreprenons la construction d’une base de données décisionnelle, alimentée par les systèmes opérationnels plus ou moins indépendants, et permettant des analyses et des investigations pluridisciplinaires. Cette base de données centrale multi-espèces abritera l’ensemble de données utiles pour les programmes de recherche pour la création variétale : les données de marqueurs et de cartographie, les données (résultats) de génotypage, les données phénotypiques, les données de pedigrees, les résultats d’analyses (QTL et autres).

KARAMAN Zivan

LIMAGRAIN

Développement d’un pipeline d’annotation de séquences génomiques d’espèces végétales sur grille

Les objectifs du projet sont : 1. de permettre au pipeline « TriAnnotPipeline » développé en étroite collaboration avec l’URGI (INRA-Evry), de profiter des avantages de la grille de calcul AUVERGRID (parallélisation). 2. d’assurer le stockage et l’archivage des données issues du pipeline. 3. d’implémenter de nouvelles fonctionnalités (modules) afin de faire évoluer TriAnnotPipeline vers plus de performances et une plus grande facilité d’utilisation.

LEROY Philippe

INRA UMR ASP

Mise en place et installation de bases de données, de données et d’applicatifs pour le développement de la BioInformatique Végétale

L’objectif de ce projet est de regrouper cet ensemble sur l’Auvergne à proximité de la majorité des utilisateurs. Un ensemble de serveurs sera installé de manière à pouvoir stocker les données publiques disponibles et qui ne font qu’augmenter. Ces serveurs contiendront aussi de nombreux applicatifs, publics, commerciaux ou bien ceux développés par Biogemma ou dans Génoplante. Un réseau sera mis en place permettant de connecter tous les sites de Biogemma et de ses actionnaires. L’intranet, déjà en place, sera adapté à la nouvelle configuration.

PEREZ Pascual

BIOGEMMA

LifeGrid, le système d'information régional