1- Contexte scientifique et objectifs du projet

Le projet consiste à doter l’unité Inserm 484 d’un système d’information destiné à mettre en place une plateforme de « Promotologie » avec pour objectif l’étude des séquences régulatrices de gènes. Une telle plateforme permettrait d’analyser les régulations de gènes dans différents contextes cellulaires et ainsi de rechercher des cibles géniques dans différentes pathologies. Dans le contexte de l’unité, cette plateforme serait utilisée pour la mise au point d’une stratégie anti-cancéreuse, avec pour finalité l’élaboration de nouvelles thérapies. La démarche est la suivante : - construire des modèles de régulation transcriptionnelle dans les séquences promotrices de gènes surexprimés dans la cellule cancéreuse, identifier des gènes co-régulés par criblage de centres de ressources biologiques, - analyser l’expression des gènes identifiés via une comparaison avec des données issues de biopuces. Ultérieurement, l’expression des gènes identifiés in silico serait confirmée par des techniques de biologie moléculaire telles que la RT-PCR quantitative, le Western blotting et l’interférence d’ARN.

2- Description du projet

La construction des modèles de régulation passe par la consultation de plusieurs centres de ressources biologiques. Via un système de requêtes et des outils de filtrage, seules les informations pertinentes sont extraites et enregistrées dans le système d’information. Après acquisition de ces informations, celles-ci sont transférées via une chaîne de traitements pré-établie. L’ensemble des données est alors comparé avec des informations issues d’autres expériences biologiques et bioinformatiques. Ce processus se déroule suivant différents protocoles décrits par des jeux de paramètres précis qui mettent en oeuvre des méthodes statistiques et des outils de criblage inter-base de données. Le projet consiste à développer plusieurs modules dont : une base de données pour enregistrer les paramètres, les protocoles et les résultats d’analyses effectuées sur la plateforme. Une base de données d’expression génique issues de puces ADN. Le modèle de la base sera importé dans la mesure du possible de modèles standards du système d’information régional biomédical afin de conserver l’homogénéité des structures. Une base de données métaboliques pour enregistrer les voies métaboliques où interviennent les gènes cibles. Une plateforme logicielle pour la manipulation et le traitement de données. Elle permettra de réaliser des requêtes complexes vers le système d’information. Elle possédera notamment l’ensemble des traitements informatiques. Ces outils existent ou s’appuient sur des algorithmes connus. Ils ont été testés et validés par la communauté scientifique et/ou les industriels. Ainsi leur mise en place ne constitue pas une innovation en elle-même. Par contre, leur utilisation simultanée au sein d’un système d’information n’est à ce jour pas disponible. Une plateforme de gestion de données pour gérer le flux de données entre les différentes structures du système d’information.

3- Résultats attendus

Le développement de ce système d’information se place dans une politique de valorisation des connaissances fondamentales du fonctionnement cellulaire afin de les utiliser et de les transférer dans le domaine médical pour la mise au point de nouvelles thérapies. Il apparaît de plus en plus qu’une des futures voies de diagnostic et de thérapie est liée au développement de technologies transcriptomiques qui devraient permettre la compréhension et l’identification de causes de cancers via des études d’expression génique. Le système d’information est conçu pour acquérir et traiter rapidement de multiples données et de favoriser leur distribution et diffusion. De plus, cette plateforme, unique en Auvergne, permettra de favoriser le partage des compétences et des techniques biomédicales et de créer une liaison entre des équipes travaillant sur le même sujet, à des niveaux de valorisation et de transfert technologique différents. Plus généralement, dans le cadre du point 7.2 du document décrivant l’ex programme E-nnovegne et plus précisément la constitution d’un centre de ressource bio-médical, ce programme s’insère dans un ensemble plus vaste du plateau de recherche médicale du CHU, du Centre Jean Perrin, des Universités d’Auvergne et Blaise Pascal et de l’INRA, comprenant les Unités Inserm 384 et 484, le Centre d’Investigation Clinique labellisé Inserm (CIC), le Centre de Pharmacologie Clinique (CPC), le Centre d’Evaluation et Traitement de la Douleur (CETD), le Cancéropole, le Centre National de Référence pour la lutte contre les Leucodystrophies, le laboratoire de biologie des protistes, la plateforme d’imagerie petit animal et la plateforme métabolomique de l’INRA. L’objectif est d’uniformiser et de professionnaliser l’échange de données entres les différentes structures de recherche qu’elles soient publiques ou privées.

LifeGrid, le système d'information régional