1- Contexte scientifique et objectifs du projet

La recherche médicale est absolument nécessaire pour progresser dans la lutte contre la maladie cancéreuse. Elle va de la recherche la plus fondamentale à la recherche clinique au lit du malade, en passant par tous les intermédiaires du transfert de technologie du laboratoire aux applications cliniques. Deux structures principales ont été mises en place au Centre Jean Perrin :

• Une unité de recherche clinique pour permettre de tester de nouveaux médicaments innovants
• Une unité de recherche biologique impliquée dans l’étude des mécanismes moléculaires de la genèse et du développement de la maladie cancéreuse

Le laboratoire d’oncologie moléculaire dirigé par le Pr. Yves Jean Bignon aborde ces deux aspects dans l’étude du cancer du sein. Bien que les contraintes soient différentes entre la recherche clinique et biologique, toutes deux passent par des phases d’expérimentations artisanales pour aboutir à la mise au point de protocoles de routine à visées diagnostics et thérapeutiques. L’aboutissement des protocoles de routines s’inscrit dans le développement de systèmes d’informations afin que les procédures soient largement testées, validées et diffusées.

2- Description du projet

Le système d’information entre dans une optique de traitement haut débit des données transcriptomiques dont l’objectif est la détection de facteurs génétiques et la compréhension de leurs rôles dans le développement des maladies cancéreuses. Ces travaux doivent aboutir à la création d’outils de diagnostics et de pronostics de ces maladies. Cette plate-forme sera constituée de trois protocoles :

• Etude du niveau d’expression des gènes qui consiste à analyser des données issues d’une analyse de biopuce.
• Etude des mutations géniques qui consiste à traiter et à séquencer des échantillons d’ADN de patient(s) malade(s) et à identifier les mutations pour établir un diagnostic.
• Annotation médicale. Cet outil consiste à mettre en place un protocole de suivi de patients dans les phases de recherches cliniques spécifiques aux problématiques du cancer. Des questionnaires sont mis à disposition permettant d’enregistrer des annotations de médecins. Il sont ensuite stockés dans une base de données qui permet de réaliser des requêtes en relation avec les deux bases précédentes.

3- Usage public ou contrôlé

Le système d’information est à usage public mais les données et les protocoles d’acquisitions sont des données médicales strictement confidentielles qui ne peuvent être laissées qu’à l’usage de personnes rigoureusement accréditées.

4- Résultats attendus

Le programme développé va augmenter les possibilités de recherches du Centre Jean Perrin dans le cadre du Cancéropôle Rhône-Alpes-Auvergne. Par ce biais, il va augmenter les possibilités de programmes développables au niveau national et européen. La connaissance transcriptomique est d’actualité dans la mise en place du plateau de recherche médicale. En effet, il apparaît de plus en plus qu’une des futures voies de diagnostics médical se trouve dans le développement de technologies transcriptomiques qui permettront l’identification de cancers via des études d’expressions géniques (Centre Jean Perrin, Pr. Bignon). Cette technologie entraînera la mise au point de nouveaux kits diagnostics pour caractériser les tumeurs et décider des meilleurs traitements à suivre (nosologie diagnostique, pronostic, théranostic).

Ce projet aura un impact de valorisation important pour le Centre Jean Perrin et indirectement les équipes académiques associées au projet. De plus, 3 sociétés : Diagnogene (Imaxio), Greentech S.A, GENOME express / Cogenics joueront un rôle important dans la valorisation de ce projet. En effet, la première est grandement intéressée par l’axe Etude du niveau d’expression des gènes car elle développe actuellement un module qui pourra être intégré à ce système d’information.

La deuxième pourra, par ses compétences en biologie, en modélisation bio-informatique et par ses capacités techniques de production, développer, produire et commercialiser de nouvelles molécules d’intérêts issues des biotechnologies. Les nouveaux produits issus de ces recherches seront mis à la disposition des partenaires du Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône Alpes (CLARA) en vue de leur utilisation lors d’études à visées préventives et/ou thérapeutiques contre différents types de cancers.

La troisième compte tenu à la fois (i) des nouvelles orientations en matière de R&D au sein de Clinical Data, (ii) de l’implication de GENOME express / Cogenics sur la partie analyse d’expression / validation en collaboration avec Applied, et enfin (iii) de l’expérience bioinformatique de la société-synquence, Genostar,..), propose une participation centrée sur le développement d’outils d’analyses et de biostatistiques appliqués non seulement à Mutacancer (eg banque de données) mais également à des études de micro-arrays, voir validation qPCR.

Plus généralement, dans le cadre du point 7.2 du document décrivant l’ex programme E-nnovegne et plus précisément la constitution d’un centre de ressource bio-médical, ce programme s’inclut dans un ensemble plus vaste du plateau de recherche médicale du CHU, du CJP, et de l’UdA, comprenant l’Unité INSERM U384, l’unité INSERM U484, le Centre d’Investigation Clinique labellisé INSERM (CIC), le Centre de Pharmacologie Clinique (CPC), le Centre d’Evaluation et Traitement de la Douleur (CETD), le Cancéropôle et le Centre National de Référence pour la lutte contre les Leucodystrophies. Des unités de l’INRA et de l’Université Blaise Pascal sont également impliquées dans certains de ces programmes de recherche. L’objectif est d’uniformiser et de professionnaliser l’échange de données entres les différentes structures de recherches qu’elles soient publiques ou privées.

LifeGrid, le système d'information régional