L'équipe LifeGrid

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Sommaire

• 1- Prolongation de l'équipe LifeGrid
• 2- Appel à Projets 2009
• 3- Les services proposés par l'équipe LifeGrid
• 4- Présentation de l'équipe
• 5- Équipements mutualisés
• 6- Annexes - Détails des prestations

1- Prolongation de l'équipe LifeGrid

En 2006, la Région Auvergne a débuté un Programme Régional d’Actions Innovatrices (PRAI) nommé E-nnovergne LifeGrid et dédié à la thématique des Sciences du Vivant (de l’échelle de la molécule à celle de l’écosystème). Une des conclusions du PRAI a été la mise en évidence d’un réel besoin en termes d’accompagnement pour le développement de systèmes d’informations dans les Sciences du Vivant.

La conférence de fin de travaux de ce PRAI LifeGrid s’est déroulée les 24 et 25 Novembre 2008 au Polydôme de Clermont-Ferrand. Plus de 120 personnes ont participé à cette manifestation (acteurs publics ou privés du domaine des Sciences du Vivant).

Cette conférence a été l’occasion de présenter l’ensemble des travaux réalisés dans le cadre du PRAI LifeGrid. Ce rassemblement avait également comme objectif de favoriser les échanges et les collaborations entre les différents acteurs auvergnats du domaine des Sciences du Vivant (structures privées, laboratoires publics de recherche, instituts académiques).

Suite au franc succès rencontré par ce PRAI, le Conseil Régional a souhaité prolonger sur des fonds régionaux le financement de l'équipe LifeGrid durant l'année 2009. Comme auparavant, l'équipe est hébergée à l'université Blaise Pascal (ISIMA).

2- Appel à Projets 2009

Lors du lancement du programme LifeGrid en 2006, deux appels à projets ont été publiés qui ont eu un franc succès : plus de 40 projets soumis dont 24 sélectionnés.

En 2009, le Conseil Régional d'Auvergne a publié un nouvel appel à projets intitulé «Outils informatiques pour les Sciences de la Vie, dans le cadre du pôle Bioinformatique ». A l'instar du PRAI E-nnovergne LifeGrid, cet appel à projets concernait uniquement les acteurs scientifiques auvergnats du domaine des Sciences du Vivant (structures privées et organismes publics de recherche) souhaitant développer des Systèmes d'Information ainsi que des outils d'analyse de données. Une vingtaine de dossiers ont été déposés; 11 d'entre eux ont été retenus.

3- Les services proposés par l'équipe LifeGrid

Aperçu général des services LifeGrid

3.1- Réalisation de séances de sensibilisation à l’utilisation des Systèmes d’Information, pour les acteurs du domaine des Sciences du Vivant

Ces séances peuvent s’adresser aussi bien à des personnes non familières à la notion de Système d’Information qu’à des personnes ayant une idée précise de leurs besoins.

3.2- Participation à l'élaboration de Systèmes d’Information dans le domaine des Sciences du Vivant et/ou d'outils d’analyse de données scientifiques

Afin de vous accompagner tout au long de votre projet de développement d’un Système d’Information et/ou d’outils d’analyse de données, l’équipe LifeGrid vous propose des services allant de la phase de définition à la phase d’exploitation.

Ainsi, si vous avez un projet de développement d’un Système d’Information lié au domaine des Sciences du Vivant pour mieux gérer vos données et/ou d’outils pour le traitement de vos données scientifiques, l’équipe LifeGrid propose à la fois:

• - Une assistance à maîtrise d’ouvrage (le porteur du projet garde la maîtrise d’ouvrage) ce qui vous permet, entre autres, de limiter votre intervention lors de la phase de définition et de faciliter vos relations avec l’entité réalisant les développements informatiques (prestataire, recrutement, …).


• - Des prestations liées à la grille de calcul auvergnate « Auvergrid » ou à la sécurité informatique.
  
  Les Systèmes d’Information réalisés, propres à chaque projet, ont la possibilité d’être déployés sur la grille de calcul auvergnate « Auvergrid » (afin de bénéficier d’un espace de stockage et d’une puissance de calcul des plus importants).


• - Des séances de sensibilisation à la sécurité informatique.

4- Présentation de l'équipe

Les domaines d'intervention de l'équipe LifeGrid s'articulent autour des sciences de la vie et de l'informatique. L'équipe regroupe des expériences en assistance à maîtrise d'ouvrage, sécurité et développements informatiques afin d'offrir à la maîtrise d'ouvrage un service efficace dans l'initiation et la concrétisation de ses projets: présentation de l'équipe.

5- Équipements mutualisés

Le PRAI LifeGrid s'est appuyé sur un ensemble de ressources informatiques mutualisées, mise à la disposition par différents partenaires (l'Université Blaise Pascal, le Laboratoire de Physique corpusculaire, le Conseil Régional d'Auvergne) notamment au travers de la grille régionale Auvergrid.

Cette infrastructure propose aux différents partenaires des ressources de calcul, des ressources de stockage, et l'hébergement au sein de machines virtuelles de systèmes d'informations.

Équipements mutualisés.

6- Annexes - Détails des prestations

6.1- Aperçu général des services LifeGrid

6.2- Assistance à maîtrise d’ouvrage

PHASE DE DEFINITION DES BESOINS

Etape clef dans toute initiation de projet, nos services offerts lors de la phase de DEFINITION du système consisteront à :

• - Analyser et exprimer les besoins initiaux du domaine en relation avec les futurs utilisateurs du système.


• - Analyser l’existant en identifiant ses qualités et ses insuffisances.


• - Etudier la faisabilité et l’opportunité du projet, puis prioriser les besoins et fonctions du système.


• - Proposer une ou des solutions (amélioration d’un système existant ou création d’un nouveau système) en accompagnant les décideurs dans leur choix.

PHASE DE DEVELOPPEMENT SPECIFIQUE

Nos activités dans la phase de DEVELOPPEMENT SPECIFIQUE d’un projet concernent :

• - La rédaction du cahier des charges fonctionnel qui formalise les fonctions, l’architecture technique, les contraintes de sécurité et de performance, les flux internes et externes du nouveau système.


• - L’accompagnement de l’étude détaillée se rapportant au conseil des choix techniques, la modélisation de données biologiques, et le développement Open Source bio-informatique. (Un logiciel Open Source suit les critères définis par l’Open Source Initiative, à savoir la libre redistribution et l'accès du code source ainsi que l’autorisation de travaux dérivés).


• - Le suivi du projet et la réalisation de tests fonctionnels.

PHASE D’EXPLOITATION & MAINTENANCE

Nos services dans la phase D’EXPLOITATION ET DE MAINTENANCE porteront sur :

• - L’assistance et le suivi d’utilisateur.


• - La tenue de formation ciblée, telle que la sensibilisation aux systèmes d’information pour les sciences du vivant.


• - La réalisation de tests de recettage des développements fournis.

6.3- Prestations liées à la grille de calcul auvergnate « Auvergrid »

PHASE DE DEVELOPPEMENT

Ces développements peuvent s'articuler autour de développements d’outils bioinformatiques sur grille de calcul. Une grille est constituée de grappes de clusters reliées par un réseau très performant:

• - Amélioration de programmes internes aux projets développés par parallélisation (calculs répartis) :
  • * Adaptation de codes existants,
  • * Développements spécifiques de programmes,
  • * Installation de programmes et/ou bases de données spécifiques sur grille de calcul et sur ferme de calcul.


• - Lancement massif de calcul sur grille de calcul :
  • * Déploiement de données sur grille (installation des programmes et/ou bases de données,
  • * Conduite et supervision des calculs (gestion des lancements, des erreurs),
  • * Rapatriement et post-traitement des données.

PHASE DE FORMATION & CONSULTING

Nos activités peuvent se tourner vers la formation des utilisateurs de grille, que ce soit la partie éléments de grille, ou déploiement de programmes :

• - Gestion des systèmes développés :
  • * Utilisation des programmes développés,
  • * Amélioration des programmes existants.


• - Utilisation de l’environnement de grille :
  • * Utilisation des commandes de grille,
  • * Déploiement d’applications propres,
  • * Gestion des données.


• - Conseil en déploiement d'application :
  • * Principes de soumission d’applications,
  • * Stratégie de déploiement,


• - Déploiement de Systèmes d’Information / outils Web.

PHASE DE MAINTENANCE

Nos services porteront sur la maintenance et l’assistance des utilisateurs de grille :

• - Maintenance et mise à jour des programmes déployés sur la grille de calcul Auvergrid,


• - Ajout de fonctionnalités aux programmes existants,


• - Mise à jour automatique des différentes bases de données déployées sur grille / ferme de calcul.

6.4- Prestations liées à la Sécurité informatique

PHASE DE DEFINITION DES BESOINS

Cette étape préliminaire a pour objectif de :

• - Mieux cerner le périmètre d'étude de la Sécurité pour le système concerné; en se basant sur le contexte intrinsèque du projet.


• - Définir les éléments essentiels à protéger, les critères d'appréciation du risque et le niveau de Sécurité attendu.

PHASE DE DEVELOPPEMENT

Nos activités consistent à accompagner les porteurs de projet dans leur démarche d’accréditation (CNIL, …). L’accréditation peut être :

• - Une démarche volontaire : pour mettre en valeur la conformité aux exigences d'un cahier des charges.


• - Une démarche obligatoire : dans le cadre de certaines réglementations (loi informatique et libertés par exemple).

PHASE D’EXPLOITATION & MAINTENANCE

Nos services dans la phase D’EXPLOITATION consisteront à réaliser :

• - Un audit de contrôle du niveau de Sécurité existant, à savoir :
  • * Recueillir des informations objectives pour déterminer dans quelle mesure les éléments du système satisfont aux exigences de la politique de Sécurité de l'organisme.
  • * Détecter les éléments utiles pour réajuster le plan d'action ou réviser la stratégie de gestion de la Sécurité.


• - Des séances de sensibilisation à la Sécurité dans l'environnement de la grille de calcul européenne Egee (fournir les clés permettant de mieux appréhender l'impact de la grille informatique Egee sur le Système d'Information).

LifeGrid, le système d'information régional