La bioinformatique en tant que support aux projets

Date : 27 novembre 2009
Lieu : amphithéâtre de recherche du Pôle Physique (campus des Cézeaux)

Objectif

La bioinformatique en terme d'outils pour les grands équipements mutualisés et pour les projets de recherche

Présentation

L’équipe LifeGrid a organisé, le 27 novembre 2009, un workshop intitulé « La bioinformatique en tant que support aux projets ». Ce workshop s'est focalisé sur les outils de bioinformatique pour les grands équipements mutualisés et les projets de recherche.

Cette manifestation, qui a réuni plus de 150 personnes parmi les acteurs auvergnats - publics et privés - du domaine des Sciences du Vivant, s'est tenue à l’amphithéâtre de recherche du Pôle Physique.

La matinée a été consacrée à la présentation de différentes plates-formes de recherche utilisant la bioinformatique en terme de support à la recherche. Ont été présentées des plates-formes spécialisées dans les domaines du séquençage, du génotypage, de l’exploration du métabolisme, d’analyse de biopuces, et de nouvelles techniques d'imagerie cellulaire et moléculaire.

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Les présentations du Workshop : Présentation de M. Sourdille « GENTYANE : une plate-forme pour le génotypage haut-débit en Auvergne » Présentation de M. Ferrara La Plate-Forme d'Exploration du Métabolisme : des gènes aux métabolites Présentation de M. Jagla Les approches d'Imagerie Confocale et leurs applications Présentations de M. Antoine Thouvenot et Mme Corinne Petit-Biderre « ATHOS : plateforme bioinformatique pour l'environnement » Présentation de M. Hatsch & M. Dugas « Système d'information pour la bioinformatique : Cas pratique en Recherche Industrielle » Présentation de Mme Bronner La bioinformatique dans les laboratoires de recherche Présentation de M. Breton « La grille pour les sciences du vivant, statut et perspectives » Présentation de Mme Vacher « LifeGrid : un accompagnement à l’élaboration de systèmes d’information dans le domaine des sciences du vivant » Présentation de M. Hill « Matériel informatique mutualisé au Centre Inter-Universitaire de Ressources Informatiques »

Au carrefour des biotechnologies, des technologies biomédicales et de la recherche fondamentale, les plates-formes de recherche offrent des espaces de mutualisation de moyens et de transversalité. Leurs activités s’étendent de la prestation de services (séquençage, génotypage, recherche clinique…), à la mise à disposition de surfaces et de matériels de recherche, et participent fréquemment au support de collaboration sur des thématiques en pointe. Dans un contexte de renforcement de collaborations externes et afin de respecter les contraintes liées à ces activités de services, ces plates-formes tendent de plus en plus à suivre des démarches permettant de valider et contrôler leurs réalisations techniques au travers de règles de qualité strictes, relevant de labellisation et/ou de certification (IBiSA, ISO). Une autre caractéristique majeure des plates-formes de recherche concerne la phase d’analyse et d’interprétation des données biologiques. Cette dernière fait appel à une grande variété de compétence telles que les statistiques ou la bioinformatique, et peut également demander des traitements ou des ressources de stockage nécessitant des moyens informatiques importants.

Cette demi-journée a été l'occasion de présenter les ressources technologiques auvergnates et de dresser un état des lieux de leurs besoins bioinformatiques. Une attention particulière a été apportée sur le mode de gouvernance des plates-formes en terme d’orientations stratégiques et de valorisation, les technologies mises en oeuvre, leur ouverture à l’extérieur et leur règle d’utilisation.

L’après-midi a eu pour objectif de montrer comment une structuration et une mutualisation de la bioinformatique peuvent être un appui aux projets de recherche.

Pour ce faire, différents moyens mis à la disposition des acteurs des Sciences du Vivant ont été présentés :

• la grille de calcul auvergnate « AuverGrid » offrant une puissance de calcul et une capacité de stockage très importantes,
• l’équipe LifeGrid, cellule de support aux chercheurs en terme d’ingénierie de projet, de développements sur la grille de calcul et de sécurité informatique,
• le CIRI (Centre Inter-universitaire de Ressources Informatiques) dont l’une des missions est la mise à disposition de matériel informatique pour les chercheurs.

La présentation du GIS (groupement d’intérêt scientifique) bioinformatique - en cours de création - dont l’un des axes est de fédérer le recensement du besoin des biologistes, a donner lieu à des échanges très prometteurs.

Dans ce contexte, les principaux objectifs de ce workshop ont consisté à :

• améliorer la visibilité des équipements et le savoir-faire présents au sein des plates-formes de recherche auvergnates,
• dynamiser les échanges et collaborations entre acteurs scientifiques, technologiques et industriels.

La Programmation détaillée du Workshop

MATIN ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

• - 9h00 : Introduction (PC Romond - Auvergne Valorisation)
• - 9h15 : « GENTYANE : une plate-forme pour le génotypage haut-débit en Auvergne » - INRA et Centre Jean Perrin (P. Sourdille - INRA Crouël)
• - 9h45 : La Plate-Forme d'Exploration du Métabolisme : des gènes aux métabolites - INRA (M. Ferrara - INRA Theix)

10h15 : pause café

• - 10h45 : Les approches d'Imagerie Confocale et leurs applications - GRED (K. Jagla – Université d’Auvergne)
• - 11h15 : « ATHOS : plateforme bioinformatique pour l'environnement » - LMGE (Antoine Thouvenot et Corinne Petit-Biderre – Université Blaise Pascal)
• - 11h45 : « Système d'information pour la bioinformatique : Cas pratique en Recherche Industrielle » - (D. Hatsch & O. Dugas - BIOGEMMA)
• - 12h15 : Clôture de la demi-journée (PC Romond)

12h30 : Déjeuner

APRÈS-MIDI +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

• - 14h15 : Introduction (H. Prévoteau - Biopôle Clermont-Limagne)
• - 14h30 : La bioinformatique dans les laboratoires de recherche (G. Bronner – UBP/LMGE, responsable du GIS Bioinformatique)
• - 15h00 : « La grille pour les sciences du vivant, statut et perspectives » (V. Breton – UBP/LPC)
• - 15h30 : « LifeGrid : un accompagnement à l’élaboration de systèmes d’information dans le domaine des sciences du vivant » (C. Vacher - LifeGrid)

16h00 : pause café

• - 16h30 : « Matériel informatique mutualisé au Centre Inter-Universitaire de Ressources Informatiques » (D. Hill – UBP/LIMOS et directeur du CIRI)
• - 17h00 : Clôture de la journée (H. Prévoteau)

LifeGrid, le système d'information régional