Auvergrid participe à la recherche pharmaceutique contre la grippe aviaire

 Grâce aux capacités des grilles régionale Auvergrid et européenne EGEE^*, le Laboratoire de Physique Corpusculaire a démontré l’impact des nouvelles technologies pour combattre les maladies émergentes.

En seulement un mois, 300 000 médicaments potentiels pour le traitement  de la grippe aviaire ont été testés, dans le cadre d’une collaboration entre des Laboratoires européens et asiatiques. En permettant d’identifier des molécules prometteuses à un rythme aussi important, la grille offre de nouvelles perspectives aux chercheurs pour combattre cette maladie.

La neuraminidase N1 est une enzyme qui aide le virus de la grippe aviaire à proliférer et à infecter d’autres cellules. Elle est la cible des médicaments actuels utilisés pour le traitement de la grippe aviaire. Cependant, cette protéine est connue pour sa capacité à développer des mutations. Si la protéine mute, les médicaments actuels risquent de perdre leur efficacité. Cette propriété impose la recherche de nouveaux médicaments appropriés aux éventuelles mutations de ce virus.

Une méthode existante est le docking^* in silico^*. Ce processus permet un gain de temps et un gain d’argent considérables par rapport aux méthodes biologiques. Cependant, elle demande des ressources de calcul gigantesques seulement offertes par les grilles de calcul.
La probabilité d’accrochage d’une large sélection de composés chimique sur cette neuraminidase a été calculée en faisant varier la structure de cette dernière. Grâce à ces résultats, les chercheurs peuvent prédire quels composés sont les plus actifs pour bloquer l’action des neuraminidases mutées.

Grâce à l’expérience acquise dans le précédent Data Challenge^* sur la malaria, la préparation de ce nouveau challenge a été mise en place en un mois. Cette première phase de recherche a été effectuée sur les grilles régionale Auvergrid et européenne EGEE entre les mois d’avril et juin 2006. Le calcul de la probabilité d’ancrage de 300 000 composés chimiques a été réalisé sur 8 structures différentes de la neuraminidase N1. Ces calculs ont mobilisé 2000 ordinateurs dans le monde, soit 100 années de calcul sur un seul ordinateur. Les résultats obtenus ont été stockés afin d’être analysés. Les statistiques de ce Data Challenge^* sont disponibles sur le site web : http://wisdom.eu-egee.fr/avianflu/.

MR

Glossaire

• EGEE : Enabling Grid for E-sciencE, grille de calcul européenne (pour plus d'informations voir le site Internet)
• Data Challenge : déploiement à très grande échelle d’une expérience
• Docking : méthode reposant sur la mesure de la probabilité que des molécules considérées comme des médicaments potentiels se lient à une protéine cible, altérant ainsi son activité biologique
• in silico : assisté par ordinateur

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